Les eaux du parc marin ne proviennent pas uniquement des bassins hydrographiques, situés en amont, du Saint-Laurent et du Saguenay. Un courant d’eau froide venant de l’aval fournit aussi un apport important, tant sur le plan quantitatif que qualitatif.

Ce courant, qui arrive du golfe depuis l’océan Atlantique, longe la rive nord du Saint-Laurent. Une fois parvenu à l’entrée du  fjord, il  se  heurte au haut-fond qui s’y trouve, ce qui le fait remonter brusquement vers la surface... Ces eaux sont ainsi constamment renouvelées, oxygénées et enrichies d’un nouvel apport de sels minéraux.